基础医学院下设有生物化学、免疫学、生理学、病理生理学、组织胚胎学、人体解剖学、病理学、病原生物学、医学心理学、医学概论和艺术教育11个教研室，以及人体解剖学、形态学、机能学和分析4个综合实验室。承担着全校37个不同专业层次的基础医学课程的理论及实验教学，每学年承担近5万学时的教学任务。

组织胚胎学、生物化学、生理学、医学微生物学、病理生理学、病理学、医学免疫学、医学影像解剖学8门课程为省级精品课程，人体寄生虫学、基础医学概论、医学心理学3门课程为校级精品课程。生理学、病理生理学、病原生物学和医学免疫学为省级教学团队，生物化学为山东省双语教学示范课程。学院五年来获省级教学成果奖2项，承担省级教研课题7项，厅级教研课题19项；获全国教学及实验技能比赛二等奖三项、三等奖六项，山东省教学比赛二等奖三项，泰山医学院教学能手比赛一等奖五项，发表SCI教研论文1篇，其他期刊50余篇，主编教材28部。